| 01 |
人口與性別研究中心 |
設置辦法 |
63年成立，原名「人口研究中心」，88年改名為今名 |
| 02 |
凝態科學研究中心 |
設置辦法 |
81年10月設立 |
| 03 |
生物技術研究中心 |
設置辦法 |
88年2月設立 |
| 04 |
生物多樣性研究中心 |
設置辦法 |
89年設立 |
| 05 |
新興物質與前瞻元件科技研究中心 |
設置要點 |
延續卓越計畫於91年設立之奈米中心為 「奈米科技研究中心」，位於物理館(2號館)內 ，96年10月更名為「尖端奈米材料中心」，100年7月更為今名 |
| 06 |
資訊電子科技整合研究中心 |
設置要點 |
延續卓越計畫於92年設立之研究中心 |
| 07 |
原住民族研究中心 |
設置要點 |
93年設立 |
| 08 |
神經生物與認知科學研究中心 |
設置要點 |
94年10月8日於心理系南館正式揭牌運作 |
| 09 |
基因體暨精準醫學研究中心 |
設置要點 |
原係92年設立之「基因體醫學研究中心」，94年12月1日更名為「醫學卓越研究中心基因體醫學核心實驗室」，99年7月13日更名為「基因體醫學研究中心」，107年5月1日更為今名 |
| 10 |
人文社會高等研究院 |
設置要點 |
94年設立，95年9月29日正式揭牌運作 |
| 11 |
功能影像及介入治療研究中心 |
設置要點 |
95年設立，原名「血管新生研究中心」，106年5月2日第2947次行政會議通過更名為「血管新生及治療研究中心」，107年1月16日第2980次行政會議通過更為今名 |
| 12 |
計算與系統生物學研究中心 |
設置要點 |
95年6月12日假生物科技館正式揭牌運作，98年12月22日第2604次行政會議通過更名為「系統生物學研究中心」，110年8月31日第 3101次行政會議更為今名 |
| 13 |
數學科學中心 |
設置要點 |
95年5月16日第2432次行政會議通過設立，96年11月27日第2503次行政會議提升為校級中心 |
| 14 |
數位人文研究中心 |
設置要點 |
95年11月21日第2456次行政會議通過設立，97年6月17日正式揭牌運作原名「數位典藏研究發展中心」，101年10月30日更為今名 |
| 15 |
梁次震宇宙學與粒子天文物理學中心 |
設置要點 |
97年1月22日第2510次行政會議通過設立，97年3月21日正式揭牌運作 |
| 16 |
科技政策與產業發展研究中心 |
設置要點 |
96年10月16日第2497次行政會議通過設立，97年8月14日正式揭牌運作 |
| 17 |
能源研究中心 |
設置要點 |
97年3月11日第2516次行政會議通過設立 |
| 18 |
智慧生活科技整合與創新研究中心 |
設置要點 |
97年6月3日第2528次行政會議通過設立，97年8月13日正式揭牌運作 |
| 19 |
生醫倫理中心 |
設置要點 |
96年3月27日第2473次行政會議通過設立，原名「生醫暨科技倫理法律與社會中心」，103年5月7日更為今名 |
| 20 |
健康科學與生活研究中心 |
設置要點 |
97年10月14日第2545次行政會議通過設立 |
| 21 |
永齡健康研究院 |
設置要點 |
97年12月16日第2554次行政會議通過設立，原名「永齡生醫工程中心」，106年9月12日第2963次行政會議通過更為今名 |
| 22 |
量子科學與工程研究中心 |
設置要點 |
98年1月13日第2558次行政會議通過設立 |
| 23 |
計量理論與應用研究中心 |
設置要點 |
98年3月31日第2568次行政會議通過設立，98年9月9日假管理學院2號館正式揭牌運作 |
| 24 |
氣候天氣災害研究中心 |
設置要點 |
由92年6月17日成立之「綜合災害研究中心」轉型而來，99年2月9日第2611次行政會議通過設立，110年5月11日第3093次行政會議通過合併「氣候變遷與永續發展研究中心」 |
| 25 |
發育生物學與再生醫學研究中心 |
設置要點 |
99年6月15日第2627次行政會議通過設立，99年7月10日正式揭牌運作 |
| 26 |
智慧聯網創新研究中心 |
設置要點 |
100年1月18日第2654次行政會議通過設立，100年3月7日正式揭牌運作。原名「Intel-臺大創新研發中心」，105年6月21日更為今名 |
| 27 |
分子生醫影像研究中心 |
設置要點 |
100年6月28日第2675次行政會議通過設立，102年2月25日正式揭牌運作 |
| 28 |
智慧健康科技研發中心 |
設置要點 |
100年6月28日第2675次行政會議通過設立 |
| 29 |
光電創新研究中心 |
設置要點 |
100年8月2日第2680次行政會議通過設立 |
| 30 |
公共政策與法律研究中心 |
設置要點 |
100年12月27日第2698次行政會議通過設立 |
| 31 |
中國信託慈善基金會兒少暨家庭研究中心 |
設置辦法 |
100年12月27日第2698次行政會議通過設立 |
| 32 |
健康資料研究中心 |
設置要點 |
101年10月23日第2735次行政會議通過設立，101年11月29日在醫學校區水森館正式揭牌運作 |
| 33 |
創新藥物研究中心 |
設置要點 |
101年11月13日第2738次行政會議通過設立，102年5月15日在醫學校區水森館正式揭牌運作 |
| 34 |
海洋中心 |
設置要點 |
101年12月25日第2744次行政會議通過設立 |
| 35 |
台積電-臺灣大學聯合研發中心 |
設置要點 |
102年7月23日第2772次行政會議通過設立 |
| 36 |
聯發科技-臺大創新研究中心 |
設置要點 |
102年10月29日第2784次行政會議通過設立，103年9月2日更為今名 |
| 37 |
創意創業中心 |
設置辦法 |
103年6月24日第2817次行政會議通過設立 |
| 38 |
醫療器材研發中心 |
設置要點 |
103年12月16日第2839次行政會議通過設立 |
| 39 |
食品安全中心 |
設置要點 |
104年1月13日第2843次行政會議通過設立 |
| 40 |
國家理論科學研究中心 |
設置要點 |
104年1月27日第2845次行政會議通過設立 |
| 41 |
人文社會科學發展中心 |
設置要點 |
104年6月2日第2861次行政會議通過設立 |
| 42 |
實驗動物資源中心 |
設置要點 |
104年12月22日第2886次行政會議通過設立 |
| 43 |
人工智慧與機器人研究中心 |
設置要點 |
106年6月20日第2953次行政會議通過設立 |
| 44 |
高效能與科學計算技術研究中心 |
設置要點 |
106年11月14日第2971次行政會議通過設立 |
| 45 |
金融科技研究中心 |
設置要點 |
107年5月1日第2993次行政會議通過設立 |
| 46 |
人工智慧技術暨全幅健康照護聯合研究中心 |
設置要點 |
107年5月29日第2997次行政會議通過設立 |
| 47 |
國防科技學研中心 |
設置要點 |
108年11月26日第3056次行政會議通過設立，原名「國防科技研究中心」，110年10月26日更為今名 |
| 48 |
新碳勘科技研究中心 |
設置辦法 |
111年11月8日第3133次行政會議通過設立 |
| 49 |
現代中華文明研究中心 |
設置辦法 |
111年11月22日第3134次行政會議通過設立 |
| 50 |
NVIDIA-臺大人工智慧聯合研究中心 |
設置辦法 |
112年5月9日第3145次行政會議通過設立 |
| 51 |
余英時國際漢學研究中心 |
設置辦法 |
112年8月29日第3152次行政會議通過設立 |
| 52 |
資安科技研究中心 |
設置辦法 |
113年1月23日第3162次行政會議通過設立 |